В 1893 году в Порту клуб основал торговец вином Антониу Николау де Алмейда, впервые познакомившийся с футболом во время своей поездки в Англию. Нет никаких сведений о клубе вплоть до прежней официальной даты его основания в 1906 году, когда Монтейру да Кошта возродил клуб.
До 1939 года Порту выступал в региональных турнирах и лишь после того, как был учрежден чемпионат Португалии, предшественник нынешней Суперлиги (Португальской лиги), стал доминировать на национальном уровне. Первые два чемпионата Порту выиграл.
Годы с 1941 по 1977 в португальском футболе отмечены полным превосходством лиссабонских клубов. Бенфики и Спортинга разыгрывали национальный титул между собой и лишь дважды (1956, 1959) позволили Порту занять первое место в чемпионате. Помимо этого, история Порту хранит память о матче против лондонского Арсенала в 1948 году, в котором Сине-белые одержали победу со счетом 3:2. Арсенал в то время считался лучшей футбольной командой Европы.
В 1978 и 1979 годах Порту дважды подряд сделал «дубль» — выиграв чемпионат и Кубок Португалии. С тех пор Порту является безусловным лидером португальского футбола.
В 2000 году ФК Порту стал одним из 14 клубов-учредителей организации G-14, объединяющей ведущие футбольные клубы Европы. Помимо Порту, в G-14 входят Аякс, Барселона, Бавария, Боруссия Дортмунд, Интер Милан, Ювентус, Ливерпуль, Манчестер Юнайтед, Олимпик Марсель, Милан, Пари Сен-Жермен, ПСВ Эйндховен, Реал Мадрид и присоединившиеся позднее Арсенал, Байер Леверкузен, Лион и Валенсия.
Порту- победитель ЛЧ 2004 года
В 2003 году Порту под руководством Жозе Моуринью выиграл Кубок УЕФА, Суперлигу Португалии, Кубок и Суперкубок Португалии. В следующем году клуб победил и в Лиге чемпионов (в финале обыгран «Монако» 3:0). После ухода Моуринью из клуба в 2004-м «Порту» продолжил доминирование на внутренней арене, одержав победы в чемпионатах 2006, 2007, 2008 и 2009 годов. В связи с коррупционным скандалом, связанным с подкупом президентом клуба да Коштой судей в сезоне-2003/04 «Порту» изначально был исключен из розыгрыша Лиги Чемпионов в сезоне-2008/09, однако впоследствии спортивный арбитражный суд отменил это решение. Всего клуб побеждал 25 раз в национальном первенстве и 20 раз становился обладателем Кубка Португалии. 22 июня 2011 главный тренер Порту Виллаш-Боаш покинул команду и вскоре возглавил Лондонский Челси.